グレートマジンガー秘密基地は、グレートマジンガーを修理したり、組立てたりする秘密基地です。色々な機械がセットされており、マジンガーの武器となる3種類の超合金アームや、それぞれを運搬するトレーラーや、機械をつりさげるクレーンなどが装備されています。また屋上のドームの上には、スクランブルダッシュや、ブレーンコンドルをかざることができます。グレートマジンガーがついています。